微波治疗疾病主要是通过热效应以及生物效应实现。因为极性分子之间存在磁阻，会对振荡产生阻尼作用，这样就会消耗微波能的量生热，利用这些热量就可以达到治病的效果，这就是微波治疗的热效应。通过研究和临床实验表明，利用微波照射病变的部位，治疗效果比其它的热敷方法要理想。

        人体大部分是由碳水化合物组成，而碳水化合物的分子是极性分子，在微波场作用下，能随微波频率改变其极性，故称作极性振荡，而极性振荡的频率又和微波频率相同，振幅和微波强度成正比。因为中医常常通过热敷、针灸等方法治疗寒症和局部的炎症；所以通过人体自身发热，也可以达到自身免疫功能。

        一、微波治疗炎症的机理

        炎症往往是因为受伤、受到细菌感，或者是收到病毒感染后，某种维生素缺乏、或者是过敏等引起的局部病变。其主要特征是血液循环不畅顺。而微波照射到病变部位的时候时，能让病变组织迅速升温，当某一部位的温度超过某一阀值的时候，人体会产生自我保护反应，随即会加强对该部位的供血，这样就可以改善病变部位的血液循环，同时增加病变营养，打通被压迫堵塞的毛细血管，令到该部位的血液循环恢复正常，炎症逐渐消失。而微波本身就带有杀菌消毒的功效，再加上产生的热效应杀菌消毒，最终就能达到通络消炎的目的。

        二、微波治疗外伤出血的原理

        当微波照射流在伤口外的血液上的时候，血液会吸收微波能从而生热，血液里面的水份会迅速蒸发，变稠和凝固，凝固的血液堵塞血管和伤口，这样就达到了止血的目的。在微波的热效应以及使极性分子高速转换极性的双从作用下，病菌会被杀死，使伤口不至于受感染。另外，微波照射到人体不但会有热效应，还会引起生物效应，能够增快血液循环，给伤口处提供足够的养分，加快伤口愈合。